6. Agenţia exercită următoarele atribuţii:
a) organizează proiectarea şi construcţia sistemelor de aprovizionare cu apă potabilă şi canalizare, exploatarea tehnică a lacurilor de acumulare de uz comun, conform principiului de bazin hidrografic, precum şi a digurilor de protecţie;
b) organizează exploatarea şi reparaţia sistemelor de desecare şi de irigare, a sistemelor de aprovizionare cu apă potabilă şi canalizare;
c) asigură efectuarea lucrărilor de reparaţie centralizată a staţiilor de desecare şi de irigare, a sistemelor de aprovizionare cu apă potabilă şi canalizare;
d) acumulează şi analizează sistematic informaţia privind starea ramurii, ţine Registrul de evidenţă primară al fondului apelor, cu prezentarea acestei informaţii organelor ierarhic superioare;
e) ţine evidenţa statistică de stat a utilizării apelor, evidenţa fondului apelor şi celui ameliorativ; participă la elaborarea Cadastrului de Stat al Apelor, formează banca de date în domeniu;
f) coordonează documentaţia de proiect în domeniu;
g) avizează folosirea integrală şi specială a apelor, confirmate prin Titlul de folosinţă integrală şi Autorizaţia de folosinţă specială, întreprinde măsuri privind evitarea utilizării ilicite a apei şi construcţiilor hidrotehnice şi propune retragerea avizelor, în caz de încălcare a legislaţiei;
h) elaborează regulamente şi contribuie, prin acţiuni concrete, la întreţinerea în stare tehnică conformă a bazinelor de acumulare, a construcţiilor antiviitură, a reţelelor de distribuire a apei, a sistemelor de irigare şi desecare, a staţiilor de pompare şi altor construcţii hidrotehnice;
i) asigură implementarea realizărilor ştiinţifice şi tehnologice în domeniul gospodăririi apelor, hidroamelioraţiei şi aprovizionării cu apă potabilă şi canalizare;
j) organizează finanţarea lucrărilor ce ţin de construcţia, întreţinerea şi reconstrucţia obiectelor de gospodărire a apelor, hidroameliorative, de alimentare cu apă şi canalizare;
k) exercită funcţia de beneficiar (în caz de necesitate, funcţiile de beneficiar pot fi transmise organizaţiilor din subordine);
l) ţine evidenţa contabilă, coordonează lucrările privind întocmirea dărilor de seamă şi statistice din organizaţiile din subordine;
m) elaborează măsuri privind organizarea activităţii şi controlul asupra stării protecţiei muncii, securităţii tehnice şi antiincendiare în organizaţiile din subordine;
n) organizează perfecţionarea şi recalificarea cadrelor Agenţiei, organizează atestarea profesională a cadrelor din organizaţiile subordonate;
o) reprezintă, în limitele competenţei, interesele Republicii Moldova în relaţiile cu organizaţiile de alimentare cu apă, canalizare, gospodărire a apelor şi hidroamelioraţiei din străinătate;
p) participă la întocmirea acordurilor (contractelor) interstatale şi interguvernamentale cu privire la problemele ce ţin de utilizarea şi gestionarea resurselor de apă transfrontaliere, precum şi la discutarea şi semnarea acestora, în modul stabilit de Guvern; poartă răspundere pentru executarea obligaţiunilor ţării ce rezultă din aceste acorduri;
q) este responsabil pentru implementarea proiectelor în domeniul aprovizionării cu apă şi canalizare, finanţate de instituţii financiare internaţionale;
r) promovează implementarea Proiectului de îmbunătăţire a sistemelor de aprovizionare cu apă în 6 localităţi ale Republicii Moldova, finanţat de Fondul Kuweitean de Dezvoltare Economică Arabă.